Много лет Дилан Фейден провёл в плену Федерального Бюро Контроля. Освободившись, он обнаруживает, что сущности покинули Старейший Дом, и должен остановить их среди аномально преобразившегося Манхэттена. Город вместе с населением охвачен космическим кризисом, а для Дилана происходящее связано и с личной целью: отыскать сестру Джесси Фейден, директора ФБК. Противостоять сверхъестественным угрозам ему приходится в реальности, искажённой аномалиями.

Масштабный мир включает несколько отдельных локаций, поэтому путь не сводится к линейному сюжету. Манхэттенские улицы и другие городские пространства под воздействием аномалий предлагают разные условия для тактики — в отличие от закрытых коридоров предыдущей части. Среди всеобщего хаоса здесь оказываются гражданские, сотрудники Бюро и участники сторонних фракций, каждый со своими намерениями. Общение с ними и изучение того, к чему привело вторжение, входят в число важных составляющих повествования.

В роли Дилана игроку предстоит сражаться в ролевом экшене. Против непредсказуемых врагов помогают манёвренность и использование окружения ради преимущества. Для ближнего боя герой применяет Аберрант — оружие, способное менять облик множеством способов. По мере усиления опасности у Дилана раскрываются и совершенствуются паранормальные силы; их развитие показывает одновременно недостаток опыта и врождённую склонность героя управлять аномалиями.