Brotato сочетает шутерные механики с элементами roguelite. Игрок управляет картошкой, вооружённой разными пушками, и сражается с инопланетными существами. Локации создаются процедурно, а на один забег может уйти до 30 минут. Среди десятков видов оружия и экипировки можно выбрать подходящие предметы, проходить игру в своём темпе и сочетать их эффекты.

В распоряжении игрока — огнемёты, пистолеты-пулемёты, ракетницы, универсальные палки в камни, автоматы и другие виды оружия. Герою предстоит выдерживать волны врагов продолжительностью от 20 до 90 секунд; в каждой волне появляется определённое число противников. За отведённое время нужно уничтожить как можно больше из них, чтобы получить средства и открыть дополнительные предметы.

Между волнами можно собирать материалы, получать опыт, приобретать вещи в магазине, улучшать персонажа и менять инвентарь. Когда игрок будет готов, он покидает меню покупок и возвращается к бою. Большинство огнестрельных видов оружия стреляет автоматически. У предметов разные характеристики, поэтому их полезность зависит от ситуации.