Born Into Fear — инди-хоррор, где игрок исследует трёхмерный мультяшный мир с видом от первого лица. В ночное время можно освещать путь фонариком, ходить по улицам и заходить в дома. Окружение реагирует на действия: например, разрешается управлять светом и дверями, а также подбирать предметы и применять их. Сюжетные сведения раскрываются в многочисленных записках и дневниках.

По карте перемещаются монстры: от них приходится скрываться или спасаться бегством. Кроме того, предстоит проходить главные и дополнительные задания и решать несложные головоломки. Несколько вариантов концовки обеспечивают игре небольшую реиграбельность.

События разворачиваются в пригороде North Hollow Heights, где за одну ночь погибли все жители. К трагедии привели эксперименты Aegis — организации, которую прежде считали защитницей человечества. Главный герой, агент Джей, служит в этой фракции. По поручению руководства он должен проникнуть в изолированный район, собрать результаты эксперимента, разыскать и уничтожить улики, а также устранить созданную Aegis сущность Салли. Однако игрок может определить для неё другую судьбу. Одновременно с выполнением основной миссии Джей ищет подсказки, которые помогут отыскать его пропавшую без вести мать.