Тринадцатый Чёрный крестовый поход становится отправной точкой для космической войны в Battlefleet Gothic: Armada 2. На карте кампании командующий решает, какую систему укрепить и куда отправить флот. При встрече с противником управление переходит к сражению в реальном времени. Состав эскадры и настройка её кораблей определяют, какие манёвры она сможет выполнить в бою.

Три основные кампании показывают события со стороны Империума, некронов и тиранидов. В отдельном дополнении доступна история Хаоса. Среди участников войны есть космодесант, Адептус Механикус, флоты тау, друкхари, эльдарские корсары и другие силы Warhammer 40,000. Выбор стороны меняет набор доступных кораблей и способ ведения боя.

Последствия Надвигающейся бури связывают борьбу за отдельные системы с большой историей вселенной. Здесь встречаются Велизарий Коул и Робаут Жиллиман, но основные решения игрок принимает как командующий собственным флотом.