Эдвард Кенуэй ищет удачу в Карибском море эпохи расцвета пиратства и оказывается втянут в конфликт ассасинов с тамплиерами. Поиск Мудреца и Обсерватории, связанной с Первой цивилизацией, переплетается с борьбой за влияние в регионе. Среди встреченных исторических пиратов появляется Чёрная Борода.

В Assassin’s Creed IV: Black Flag морские путешествия стали важной частью исследования. Собственный корабль можно улучшать, направлять между островами и использовать в сражениях с абордажем. Добытые средства идут на оснащение, а в портах можно пополнить припасы и команду.

Сабли, пистолеты и другие средства боя дополняют знакомые действия на суше. История современности связана с изучением генетических воспоминаний Эдварда; Дезмонд не выступает непосредственным современным героем этой части. Приключение соединяет пиратскую жизнь с тайнами противоборствующих орденов.