Действие Aphelion происходит в далеком будущем, среди гаснущих звезд и следов технологий древних цивилизаций. Исследовать галактики приходится, рискуя и принимая непростые с этической точки зрения решения. Герой пытается выжить при нехватке ресурсов и найти ответы на фундаментальные вопросы бытия. Монументальные сооружения и тщательно проработанные инопланетные пейзажи создают масштабный мир, а визуальный стиль и звук передают меланхолию одиночества и холодную пустоту космоса.

На заброшенных орбитальных станциях для исследования и расшифровки кодов нужны как боевые навыки, так и аналитические способности. Взаимодействие с миром сочетает перестрелки с поиском разных способов договориться. Система диалогов позволяет уладить спор дипломатически или перейти к вооруженному конфликту. Выборы протагониста имеют долгосрочные последствия и меняют соотношение сил фракций; ранее принятые решения также преобразуют игровой мир.

Навыки можно развивать с учетом предпочтительной тактики. Футуристические инструменты помогают проникать в закрытые сектора и справляться с автоматизированной охраной. Новое снаряжение получают, добывая редкие компоненты на враждебных планетах; защитный костюм улучшают специальными платформами, рассчитанными на сопротивление агрессивной среде. Для расшифровки информации из бортовых компьютеров предстоит проходить мини-игры, а поиск ценных реликвий открывает сведения о гибели прежних поколений.

Передвижение требует планировать маршруты и следить за запасом энергии. В условиях нестабильной гравитации важную роль играет маневрирование: импульсный ранец позволяет быстро менять позицию в бою.