Alien Shooter 2 - New Era продолжает одноименную серию: это классический шутер с изометрической перспективой. События разворачиваются через 50 лет после вторжения пришельцев на Землю. Благодаря численному превосходству и внезапности нападения инопланетяне почти полностью захватили планету и уничтожили человечество. Выжившие основали укреплённые колонии и укрылись под землёй. Между городами регулярно перемещаются торговые караваны, перевозящие необходимые людям товары.

Главный герой — искатель приключений, не привыкший подолгу оставаться на одном месте. Получив сигнал бедствия, он отправляется на помощь, и его жизнь меняется: он оказывается втянут в события, способные навсегда повлиять на историю человечества.

В игре сохранились классическая прокачка персонажа и сражения в реальном времени. Выполняя задания, игрок исследует мрачные локации, где можно найти оружие, боеприпасы, лекарства и другие полезные припасы. Помимо основного сюжетного режима доступно выживание: в нём предстоит отражать бесконечные атаки агрессивных пришельцев.