Alien Shooter — аркадный шутер с видом сверху, в котором предстоит очистить военный комплекс от давно обосновавшихся там пришельцев. Игра сочетает аркадный экшен с RPG-элементами. В ней десять больших уровней, связанных переходами между локациями; по ходу прохождения можно снабжать героя оружием, бронёй и взрывчаткой.

Перед началом нужно выбрать пол персонажа: мужчина выносливее и обладает большим запасом здоровья, а женщина стреляет точнее. Оружие можно подбирать с поверженных монстров или покупать в специальных автоматах; патроны также приобретаются отдельно. Арсенал простирается от револьвера до пулемёта и ракетницы, а дополнительно доступен атакующий дрон. При этом покупки оружия делают противников сильнее.

С ростом сложности появляются задания: заложить взрывчатку, заминировать бомбу и восстановить электропитание комплекса. Развитие героя связано с имплантантами: каждый установленный имплант улучшает характеристики, добавляя здоровье, выносливость, меткость, ловкость или силу. Аугментации спрятаны на всех уровнях, поэтому их важно отыскать.

Несмотря на постоянные сражения, история здесь не сводится к бездумному уничтожению врагов: сюжет постепенно раскрывается и для десантника, и для игрока. Десантник должен освободить людей от пришельцев — иначе ему предстоит погибнуть вместе с ними. Финал оставляет намёк на продолжение: герой проделывает первое отверстие, чтобы попасть в здание, и через него пробегает маленький пришелец.