В постапокалиптическом мире 41 Hours игроку предстоит управлять Итаном — одарённым физиком, который разыскивает исчезнувшую жену. Планета близка к гибели, и на принятие верного решения у героя остаётся лишь 41 час; впереди — насыщенное событиями испытание.

Перестрелки составляют основу игрового процесса, а с каждым уровнем появляются всё более сильные и опасные противники. Итан располагает большим выбором оружия и необычными способностями: телекинезом и замедлением времени, дающими преимущество в бою. Камуфляж позволяет ему стать менее заметным на фоне окружения, а временная невидимость полностью прячет его от врагов.

Специальные порталы переносят героя между измерениями. В ходе путешествия он побывает во множестве внеземных цивилизаций и столкнётся как с солдатами-людьми, так и с громадными роботизированными машинами. На уровнях также нужно решать головоломки, связанные с физикой и пространством. Найденное оружие можно модифицировать, добавляя к нему прицелы, лазеры, глушители и другие приспособления.