Warhammer 40,000: Rogue Trader — изометрическая RPG во вселенной Боевого Молота, где гримдарк сочетается с научной фантастикой. Игрок выступает в роли Вольного Торговца и исследует Простор Кронус — опасный, малоизученный край Империума, включающий множество звёздных систем. Сюжет нелинеен: можно остаться преданным Богу-Императору либо перейти на сторону врагов Человечества. В команду разрешено принимать ксеносов, а также нанимать псайкеров и воинов. Выборы игрока отражаются на общей истории, судьбах спутников и жизни всего сектора.

Путешествуя на огромном корабле, игрок посещает разные места, общается с колоритными персонажами, развивается, выполняет задания и вступает в тактические пошаговые сражения двух видов. В космических боях корабль перемещается по клеткам; можно задействовать умения экипажа, стрелять из орудий обоих бортов, запускать торпеды, применять лучевое оружие и башенные пушки. На планетах под командованием игрока отряд из шести существ. Его бойцы перемещаются по карте, используют укрытия и особенности местности, бросают гранаты, сражаются врукопашную и огнестрельным оружием, а также применяют особые способности.

Игра также встречается под названием Rogue Trader: Warhammer 40000. Разработчики постарались перенести в неё правила настольного Warhammer.