Семейное древо в The Roottrees are Dead заполняется не догадками наугад, а найденными связями между документами. Игрок разыскивает имена, профессии и другие сведения о родственниках, сопоставляет публикации и определяет место каждого человека в истории семьи. Основная работа идёт через вымышленный интернет конца 1990-х: поисковик, библиотечный каталог и архив периодики.

Поводом для расследования становится авиакатастрофа 1998 года, в которой погибают сёстры Рооттри и их родители. Семья связана с крупным кондитерским бизнесом, а условия, оставленные предком Элиасом, требуют найти кровных родственников для распределения состояния. Поэтому нужно разобраться не только в известных наследниках, но и в менее заметных ветвях рода.

Вместо боёв и обычной последовательности уровней головоломка предлагает изучение семейного прошлого. История Элиаса, Гвинет и их потомков раскрывается через накопленные сведения. Отдельная заметка может объяснить родственную связь или направить к новому поиску; заполнение дерева постепенно связывает разрозненные материалы в общую картину.