В сиквеле предыстории первой игры герой по имени Джакомо выходит из тюрьмы с условием: помогать Леонардо Да Винчи и пройти испытания. Он становится помощником гениального ученого и знакомится с его изобретениями.

Это головоломка о путешествиях во времени и поиске множества секретов Леонардо. Исследуя насыщенный механическими устройствами и необычными изобретениями мир, Джакомо раскрывает тайны, связанные с созданием великих изобретений. Его главные средства — ум, ловкость и логика. Герою предстоит изучить более сотни принадлежавших Леонардо предметов и разобраться, как работают приспособления. Поступки в прошлом заметно меняют будущее; важную роль в этом играет устройство Окулус Пертетуа.

На одном из уровней можно наблюдать, как Леонардо работает над знаменитой фреской «Тайная вечеря». В сравнении с первой частью изменилось управление, а все диалоги теперь озвучены. Игра ведется от первого лица, и герой сразу откликается на действия игрока.