Игроку предстоит вести «Вояджер» через двенадцать враждебных секторов, командуя судном вдали от Федерации. Под началом капитана Кэтрин Джейнвэй экипаж должен преодолеть свыше 70 тысяч световых лет и добраться до Альфа-квадранта. История начинается после встречи с Опекуном: поступки игрока могут существенно изменить канонические события. Каждый проход отличается благодаря процедурной генерации, а выживание — одна из основ игрового процесса.

Командиру нужно следить и за исправностью корабля, и за настроением команды, а также разумно распределять обязанности. Повреждения критических систем устраняют, изучая интерактивный разрез судна; на планеты отправляют специальные группы за дейтерием и дюранием. Для защиты запасов предстоят маневренные схватки с враждебными силами, в том числе с Казонами. Моральные решения определяют, какой финал станет доступен. Чтобы выбраться из смертельной западни, придется сочетать дипломатию с применением силы.