Вражеские дроны продвигаются через три звёздные системы. В Space Defender: Frontier Squadron пилот проходит цепочку аркадных миссий и поднимается от рядового до адмирала. Вид сверху позволяет следить за полем боя, где одни противники расставляют мины, другие мешают ракетному наведению или атакуют издалека.

К своему кораблю можно присоединить трёх ведомых. Напарники помогают в схватке, а после потери их судна необходимо подобрать спасательную капсулу. Развитие флота связано с исследованиями, покупкой вооружения и распределением ресурсов между улучшениями.

Разведывательные модели и тяжёлые фрегаты оснащаются лазерами, плазменными орудиями и энергетической защитой. Помимо продвижения по сюжету доступны тринадцать контрактов по охране и зачистке, осадные операции и спасательные задания. Выбор кораблей и технологий позволяет подстраивать отряд под разные способы атаки дронов.