Silent Hill Downpour начинается с аварии тюремного транспорта. Мерфи Пендлтон получает возможность уйти от конвоя, но вместо свободы попадает в туманный город, связанный с его прошлым. Надзирательница Энн Каннингем остаётся частью этой истории, а путешествие раскрывает обстоятельства гибели сына героя и его отношений с охранником Джорджем Сьюэллом.

Выживание зависит от наблюдения за обстановкой. Во время ливня чудовища становятся опаснее, поэтому укрытие может оказаться полезнее очередной схватки. Для ближнего боя подходят найденные трубы, топоры и другие предметы, однако такое оружие изнашивается и ломается.

Заброшенные здания и изменчивые пространства Иного мира скрывают головоломки. Специальная ультрафиолетовая подсветка помогает читать незаметные послания, а журнал хранит карты и подсказки. Четырнадцать побочных расследований дают дополнительные поводы исследовать город.

Моральные решения влияют на итог истории; предусмотрены шесть вариантов завершения. Постепенное раскрытие прошлого и опасные перемены окружения связывают исследование с личной судьбой заключённого.