В SHINOBI: Art of Vengeance Джо Мусаси, легендарный ниндзя, стремится отомстить за уничтоженную деревню и превращённый в камень клан. На его пути стоит неумолимое зло, которое необходимо уничтожить. Игра возвращает культового героя в новом 2D-экшен-платформере от создателей Streets of Rage 4.

Чтобы одолеть врагов, Мусаси осваивает оружие и ниндзя-навыки: катану Оборозуки, кунай и искусства ниндзюцу. Поединки требуют точности и проверяют чувство времени и мастерство. По мере прохождения становятся доступны новые комбинации и приёмы, позволяющие развивать боевые навыки.

Путешествие проходит через разнообразный мир с более чем десятком этапов: от военных баз до пустынь, причём каждая местность ставит перед игроком собственную задачу. На пути встречаются загадки, тайники и проходы, для обнаружения которых понадобятся подходящие инструменты. Исследование здесь поощряется, а преодоление препятствий требует не только умения сражаться, но и способности решать задачи. Кроме того, можно находить амулеты, усиливающие способности и расширяющие арсенал возможностей ниндзя.