В Samorost 2 гном в белом одеянии живёт на летающем в космосе обломке коряги, но неприятности всё равно не обходят его стороной. Когда герой оказывается в опасности из-за астероида, появляются пришельцы. Они воруют его урожай и, спасаясь бегством, уносят любимого пса гнома. Персонаж отправляется искать собаку.

Мир игры сочетает сюрреалистическую атмосферу с футуристическими элементами. Населяют его существа разного облика и размера; они помогают герою. Диалогов нет: многочисленные уровни сопровождает загадочная музыка. По пути предстоит решать головоломки, многие из которых сложны. Для этого нужно взаимодействовать с активными предметами; часто их требуется задействовать в определённом порядке. В некоторых задачах помогает особая труба: с её помощью можно оживлять персонажей или решать очередные головоломки.

Подсказки находятся в игровом меню. Специальная книга показывает схему последовательности действий, но внимательность всё равно важна: нужный объект может быть маленьким или почти сливаться с окружением. Линейное прохождение уровней позволяет выполнить все задания и отыскать собаку героя.