Rune Dice объединяет ролевой симулятор и стратегию: сражения с врагами строятся на физических взаимодействиях и применении магических артефактов. Расстановка объектов на поле может запустить цепь реакций: если совпадают грани, объекты сливаются, образуя более мощные формы. Для зачистки вражеских волн важно метко запускать снаряды и рассчитывать их рикошеты, а каждый бросок требует тактического планирования ради разрушительной комбинации.

На выбор предлагается 8 архетипов героев: скрытные бойцы, заклинатели стихий и защищённые бронёй персонажи. Разные умения сочетаются друг с другом и создают синергии, делая каждую вылазку особенной. Можно менять темп боёв или включить повышенную сложность, рассчитанную на опытных поклонников жанра. Стартовый набор костей зависит от выбранного героя, поэтому тактику приходится подстраивать под него.

Во время вылазок можно собирать руны: печати дают щиты либо стихийные эффекты. Редкие реликвии обеспечивают пассивные усиления, меняющие силу магических комбинаций. У древних алтарей доступен рискованный обмен предметов из инвентаря на ценные улучшения. Процедурные карты нужно проходить по маршрутам, исследование которых занимает около 20 минут. Сложные боссы способны менять ход битвы и призывать подкрепления.

Победа над главным противником сама по себе не завершает миссию: необходимо расправиться и с его оставшимися спутниками. Поэтому до конца схватки нельзя терять бдительность и важно беречь ресурсы. Постепенно открываемые достижения и новый контент побуждают опробовать доступные схемы и глубже разобраться в слиянии элементов. У каждой локации свои угрозы, из-за которых приходится регулярно менять состав инвентаря.