Rogue Command сочетает в себе стратегию, рогалик и карточную игру. Чтобы противостоять роботам, нужно добывать ресурсы, собирать армию и создавать собственную колоду. Разведка тактики противника помогает подготовить сокрушительную атаку, а исследование локаций позволяет получать материалы для строительства и найма бойцов. В арсенале — заводы, вспомогательные сооружения, турели и оружие массового поражения. Среди суперсил есть нанотьма: она может соркшить множество врагов либо вернуть к жизни павших солдат.

Окружение тоже можно обратить в свою пользу: например, заманить противника в плотный туман и атаковать внезапно. Электрические сгустки на уровнях станят вражескую армию, а сундуки и древние руины хранят усиления и забытые технологии. В игре более 20 карт, создаваемых процедурно, и 25 видов противников. У каждого юнита свои особенности; состав колоды определяет тактику и манеру ведения боя. Для формирования отряда доступны герои, рядовые воины, техника и вспомогательные карты. Предусмотрены сотни сочетаний тактик и стилей противостояния врагам. Игра оформлена в стильной низкополигональной графике.