История Railway Empire разворачивается в США, где дороги и железнодорожное сообщение были проблемой: на захваченных землях шли войны со множеством племён. Игроку предстоит управлять железнодорожным симулятором с развитой системой менеджмента и создавать торговые, военные и политические маршруты — так прокладывается путь к американской мечте.

В распоряжении игрока более 30 моделей поездов, существовавших в действительности. Сюжет предлагает соединять города торговыми и пассажирскими линиями, а необходимые для начала ресурсы выдаёт заранее. Игровой персонаж начинает владельцем небольшого состава и получает скромную плату за каждую перевозку. Заработанное можно вложить в придорожные станции, приносящие дополнительный доход, ремонтные мастерские, новые локомотивы и вагоны — всё, что пригодится для создания крупной железнодорожной империи.

На первых порах выбор невелик: можно выпустить поезд на линию, приобрести несколько станций и вложиться в исследования технологий. Всего предусмотрено пять глав; начиная со второй открываются выпуск облигаций, приобретение конкурирующих компаний и привлечение средств для перевозок. При этом пассажиры предпочитают доступные услуги более дорогим, пусть и качественным. Поэтому можно как построить масштабную железнодорожную империю, так и остаться с множеством купленных поездов, которые не удастся выгодно использовать.

Игра включает одну сюжетную кампанию, отдельные сценарии и свободный режим. В кампании игрок выступает промышленником, развивает свою станцию и стремится установить господство на Диком Западе. Сценарии сосредоточены на выполнении конкретных заданий, а песочница позволяет действовать без заданной цели. В ней можно заказать у журналиста статью о соперниках или подкупить инженеров, чтобы раньше конкурентов узнавать о разработках и совершенствовать поезда.