Naruto: The Broken Bond продолжает предыдущую игру и переносит в события аниме между 81-й и 135-й сериями. История разворачивается в Деревне Листьев и следует за легендарным ниндзя. В ней представлены две сюжетные линии — поиски Цунаде и возвращение Сасукэ; флэшбэки к событиям предыдущей части помогают восполнить недостающий контекст.

Игровой процесс разделён на приключенческий и боевой режимы. В первом можно исследовать открытый мир, общаться с персонажами, выполнять задания, искать предметы и свободно передвигаться. Для решения задач доступно переключение между героями и их умениями: Наруто создаёт теневых клонов, Сасукэ использует шаринган, а Шикамару управляет тенями.

Боевой режим предлагает поединки один на один и командные схватки. В ростере — 30 персонажей с собственными комбинациями атак и дзюцу. Онлайн-рейтинг позволяет состязаться с игроками со всего мира. Атмосферу дополняют оригинальные музыка и озвучка из аниме.