В Маусбурге исчезают люди, и частный сыщик Джек Пеппер берётся выяснить, что с ними произошло. Опытный ветеран войны постепенно выходит на заговор, связанный с полицией города. Его поиски ведут и в нарядное здание оперы, и на киностудии; вслед за ними приходится обследовать заболоченные места в тумане и спускаться в канализацию. Рассказ сопровождается озвученными размышлениями самого Пеппера. Вместе с чёрно-белой мультипликацией в духе тридцатых и оркестровым джазом это создаёт настроение нуарного детектива.

При этом MOUSE: P.I. For Hire устроена как быстрый бумер-шутер. Вооружённые банды заставляют постоянно двигаться, выбирать высоту и менять удобные для стрельбы позиции. Герой скользит и пользуется крюком-кошкой, а двойные прыжки дают возможность проникать в отделённые участки уровней. Обстановку тоже можно обратить против противников: некоторые механизмы работают как нарочито комичные ловушки. Встречи с главарями требуют сочетать оружие с подходящими тактическими действиями.

Арсенал развивается за счёт найденных чертежей и особых материалов. Обычные образцы вооружения можно модернизировать, повышая их возможности. Магазины и мастерские поддерживают развитие персонажа по мере продвижения через приключение, для которого заявлена продолжительность около шестнадцати часов.

Паузы между вылазками отведены офису и пабу: там можно восполнить припасы и разобрать собранную информацию. На специальной доске Пеппер сопоставляет улики, выстраивает связи между ними и получает направления дальнейших поисков, включая дополнительные поручения. Исследование города вознаграждается и находками для коллекции. В тайниках спрятаны газеты, бейсбольные карточки и комиксы; ещё одно занятие между расследованиями — карточные партии. Так перестрелки чередуются с поиском доказательств и спокойной работой над делом.