Муравьи в Microtopia — небольшие роботы, а колония работает как организованная производственная система. Ей нужны сырьё, готовые товары и постоянное снабжение королевы. Игрок задаёт маршруты и направляет рабочих феромонами, постепенно связывая отдельные задачи в общую сеть.

Развитие зависит от того, насколько согласованно распределены обязанности. Разные виды муравьёв получают собственные роли, включая полёты, копание и изобретательство. Новые технологии расширяют возможности колонии, но требуют пересматривать уже выстроенные потоки ресурсов.

Датчики и логические элементы помогают сортировать рабочих и определять их дальнейшие действия. Настройка таких правил превращает управление в задачу по автоматизации: важно, чтобы материалы доходили до нужного места, а участки производства не мешали друг другу.

Со временем колония выходит за пределы исходного участка. Новые области дают дополнительные ресурсы и собственные трудности; расселение связано с брачным полётом. Рост поселения приходится соотносить с состоянием окружающей среды и возможностями созданной сети.