Котама приезжает в футуристическую академию Кармел как загадочная студентка по обмену. Ее цель — получить титул Звезды Кармела, награду, о которой мечтают все ученики. В закрытом мире, приближающемся к столетнему юбилею, борьба за превосходство подчинена правилу: побеждает сильнейший. Появление Котамы становится началом кризиса и событий, связанных с давним заговором, и заставляет усомниться в том, чего она добивается на самом деле.

Kotama and Academy Citadel — трехмерная метроидвания, в которой боевые столкновения занимают важное место. Чтобы справляться с множеством соперников и необычных врагов, игроку нужны быстрые реакции и продуманная тактика, а не простое нажатие кнопок. Можно применить способность «Жидкая детонация», чтобы изменить ход схватки, включить ментальное ускорение и воспользоваться коротким моментом уязвимости противника, а также уклоняться от атак и затем разрушать специальные точки детонации на врагах.

Исследование не сводится к боям: Котаме предстоит пройти через большой, запутанный кампус, где научно-фантастические элементы соседствуют с сюрреалистичными. Учебные классы превращаются в арены, а коридоры замыкаются во временные петли. Элитные студенты могут стать как союзниками, так и соперниками; отношения с ними непосредственно отражаются на развитии истории. Решения Котамы влияют и на ее собственный финал, и на будущее академии. За ее безупречным обликом скрываются тайны заговора, которому уже сто лет.