После долгого сна островной маяк оживает и отправляется в путь, хотя цель его странствия остается неизвестной. Рядом с ним — морская птица; вместе они направляются к сердцу острова и дальше, в еще не исследованные места. Их история происходит на затерянном в море уединенном острове, у подножия далекой горы.

Keeper — одиночная приключенческая головоломка с видом от третьего лица. В ней нет диалогов: повествование раскрывается через кинематографичные и атмосферные средства. Игрок исследует сюрреалистический мир, решает загадки и ведет маяк с пернатым спутником по линейному маршруту через стилизованные фэнтезийные земли и серию испытаний. Тайна и история направляют героев от одной локации к следующей, все глубже в остров.

Основой игрового процесса служит взаимодействие маяка и птицы. Только действуя сообща, они могут преодолевать препятствия, возникающие из естественных и сюрреалистичных особенностей окружения. По мере продвижения увядающие побеги разрастаются и оплетают путников, а главного героя сопровождают загадочные превращения. Их странствие становится философской экспедицией по необычным краям и приводит к месту за пределами привычного понимания — финалу одиссеи метаморфоз.