Just Cause 3 продолжает историю специально обученного агента Рико Родригеса — наёмника с прозвищем «Скорпион». Игра сохраняет стилистику и жанровую основу предыдущих частей, завершая трилогию динамичными боями, открытым миром, трюками и разнообразными приспособлениями. В центре приключенческого сюжета — судьба целого государства.

Действие происходит в вымышленной Медичи, расположенной в Средиземном море. Её территория занимает 1000 квадратных километров; по всему региону встречаются посты, лагеря и отряды диктатора, захватившего власть.

Рико пользуется установленным на руке крюком-кошкой: с его помощью он быстро перемещается, цепляет врагов, транспорт и предметы, в том числе взрывоопасные бочки, которые можно забрасывать на позиции противника. Трос позволяет герою подниматься в воздух, а парашют из рюкзака — безопасно спускаться. Такие перемещения помогают уйти от преследователей, быстро сменить позицию или добраться до труднодоступных мест.

Игровой процесс включает перестрелки с многочисленными противниками и кат-сцены между миссиями. Сражаться приходится и во время свободного перемещения или по пути к поручениям, и на заданиях в портах, тюрьмах, полицейских участках, военных лагерях и на заводах. Крюк также позволяет создавать преграды и выполнять другие действия.