После исчезновения диких пчёл Земля в истории Honeycomb: The World Beyond столкнулась с кризисом опыления и гибелью растений. Биоинженеры ищут безопасную замену насекомым за пределами родной планеты. Герою достаётся похожая на тропики территория, которую придётся изучать без напарника: специалистов недостаточно, и рассчитывать на быструю помощь не приходится.

Неизвестная природа напоминает земную лишь внешне. Существа, похожие на тигров, змей или жаб, могут оказаться опасными, а безобидный вид не гарантирует безопасности прикосновения. Для исследования нужно собирать растительные образцы и биоматериалы животных, одновременно добывая всё необходимое для собственного выживания.

Из местных материалов строится исследовательская база. В игровых экспериментах изучают и меняют гены, пытаясь получить новые виды. Результат не всегда удачен: мутация способна создать агрессивное существо. Успешные открытия дают новые чертежи и помогают продвигаться к цели экспедиции.