В Forever Skies игрок управляет дирижаблем и выживает в мире после экологической катастрофы. Он летит один: других членов экипажа нет, а пищу в воздухе добыть почти невозможно — лишь изредка встречаются птицы. К тому же техника изнашивается и нуждается в новых деталях.

Катастрофу вызвали действия самого человечества: люди пренебрегли предупреждениями учёных, чрезмерно расходовали природные ресурсы и загрязняли воздух токсичными выбросами. В результате появились ядовитая рыжая пыль и бури, охватившие почти все города и страны и погубившие большую часть населения. Ржавый оттенок приобрели даже облака. Для спасения людей построили дирижабли, способные подняться туда, где ещё можно дышать. Однако конфликты и борьба за власть помешали эвакуировать всех: большинство аппаратов рухнуло. Герой — один из немногих, кому удалось взлететь и сохранить шанс на жизнь.

Внизу исследователя ждут загадки и опасности. После исчезновения людей местную флору и фауну захватили токсины: мутировавшие существа стали сильными и агрессивными, а потому угрожают человеку. Тем не менее иногда придётся спускаться за едой, водой и деталями. Можно также разбирать возведённые над облаками постройки, созданные как убежища: они не бесконечны, зато их материалы позволят быстро улучшать дирижабль — свой дом в небе.