На планете, поверхность которой покрыта жидким металлом, в Flux Empyrean предстоит исследовать следы погибшей цивилизации без текстовых подсказок и искусственных маркеров. Герой приходит в себя у Зеркального моря, не помня прошлого, и отправляется в одиночное плавание. В открытом океане можно свободно перемещаться с самого начала.

Надёжный ориентир среди бескрайних вод — живое небо с детальной астрономической симуляцией. С помощью компаса и карты созвездий игрок прокладывает маршрут, следя за движением небесных тел. В пути можно управлять лодкой с реактивными двигателями, наблюдать за космосом через телескоп, искать заброшенные орбитальные спутники и собирать необычных роботов. Среди объектов для изучения — разрушенные святилища и архивы, а также уцелевшие научные документы.

Вместо обычных боёв и дерева навыков игра предлагает сопоставлять разрозненные улики. Записи из дневников, академические отчёты и обломки монументальных сооружений постепенно раскрывают масштабный катаклизм. Каждая найденная точка интереса дополняет общую картину и побуждает заново оценить прежние зацепки. Бортовой журнал сохраняет важные находки и помогает увязать подсказки из отдалённых мест.

Восстанавливая последовательность событий, герой постепенно понимает свою роль в угасающем мире. Одиночество на борту усиливает ощущение величия и загадочности неизведанного. Развязка зависит от того, удастся ли расшифровать послания ушедшей эпохи.