Flat Heroes соединяет платформер и пулевой ад: здесь можно прыгать, в том числе с двойным прыжком, бегать, скользить по стенам и цепляться за них, атаковать и совершать рывки, уклоняясь от вражеских снарядов. Минималистичная двухмерная графика построена на простых объектах и небольшой палитре; каждый уровень помещается на одном экране. Вручную создано более 300 этапов.

Полноценной истории в игре нет, хотя предусмотрена кампания из 10 миров. В начале открыт лишь один мир, состоящий из 15 карт. Чтобы получить доступ к остальным, необходимо победить боссов — всего их десять.

В основном режиме игрок оказывается заперт на арене и должен продержаться заданное время. Пока идет отсчет, нужно уворачиваться от снарядов, которые выпускают враги, и держаться подальше от противников-камикадзе. На короткое время можно создать вокруг персонажа поле, поглощающее вражеские пули.

Управление простое, а порог вхождения низкий, но игра способна бросить вызов. Помимо одиночного прохождения, доступны кооператив, ежедневные задания и сражения между игроками. Мультиплеер только локальный: за одним компьютером могут играть двое, трое или четверо.