В исследовательской колонии нашли Амброзию — вещество, способное изменить принципы изобретательства. После того как что-то пошло не так, остров погрузился в тишину. В Clockwork Ambrosia игрок управляет Айрис — отважным инженером, которая отправляется в глубины удалённого острова и исследует его взаимосвязанные пространства, отбиваясь от чудовищных созданий и механических монстров.

Вместо готового оружия здесь можно конструировать собственное: от пушек, сметающих врагов с экрана, до точных винтовок и необычных устройств. Система модификации проста и практична, а результат зависит от выбранных деталей. Например, трёхствольный Pulse Breaker посылает серию энергетических взрывов. Заряд одного ядра усиливает выстрел; модификация с разрывным ядром создаёт огненный конус, но увеличивает время перезарядки. Сплиттер, в свою очередь, размножает выстрелы.

Эксперименты быстро показывают эффект выбранных решений, поощряя изобретательность. Создание снаряжения не сводится к оружию: новые способности можно открывать в удобном темпе и подстраивать под свой стиль игры. Нарисованная от руки графика формирует атмосферу приключения, а оригинальная музыка Джонни Стикса задаёт настроение.