В 60 Seconds! Reatomized игроку предстоит пережить ядерную катастрофу: за одну минуту собрать семью, отобрать необходимые вещи и еду и укрыться в бункере. Поскольку после катастрофы мир изменится, важно не хватать всё подряд, а выбирать то, что действительно пригодится.

В центре истории — семейство МакДудл: Долорес, Мэри, Тед, Тимми и Джейн. Получив известие, что на их район упадёт ядерная бомба, они охвачены страхом и паникой. В спешке главный герой набирает много бесполезных вещей и лишь после этого осознаёт, что вряд ли они помогут пережить катастрофу.

Нужно быстро принять решение, спасти всех членов семьи и запастись припасами. Собранное следует расходовать разумно — например, распределять еду между всеми. Запасы постепенно иссякают, так что попадание в убежище не завершает испытание, а открывает долгий этап выживания. Ради добычи придётся выходить в радиоактивную пустошь; каждый день приносит новые события и неожиданности.

Задания на выживание помогают раскрыть отношения между членами семьи. Каждое из них отличается и рассказывает отдельную историю. Планировка дома генерируется процедурно, поэтому на уровнях меняется расположение мебели и предметов. Важно заранее продумать план, придерживаться его и учитывать советы системы оповещения.